研究效果批注 ，mNGS和基于多重PCR的tNGS在细菌和真菌检测方面的性能相似；在检测DNA病毒方面 ，tNGS可能优于mNGS 。两种NGS检测要领与PCR相比没有显着差别 。本次研究效果的揭晓 ，为尊龙集团有限公司基于二代测序的病原检测产品应用 ，提供了坚实的研究数据支持 。 论文宣布截图
研究配景 肺部熏染在全球规模内普遍盛行 ，具有较高的发病率及殒命率 ，组成严重医疗肩负 。早期、准确的病原学诊断对制订针对性的抗生素治疗计划、降低病死率具有主要意义 。通过检测BALF样本 ，可以较为便捷地诊断种种肺部疾病 ，包括肺部熏染 。 在临床上 ，BALF样本中病原体的判断主要基于古板的微生物作育、显微镜涂片和聚合酶链式反应(PCR) 。 古板的微生物作育 ，被以为是熏染性疾病病原体诊断的金标准 ，但它保存检测周期长 ，迅速度低 ，检测非典范病原体、病毒和苛养微生物具有挑战性等弱点 。镜检涂片的检出率同样较低 ，可供选择的检测靶标也较少 。别的 ，PCR检测需要预设针对病原的特异性引物或探针 ，因此该要领只能检测已知病原体 ，在单次检测中检测病原体的能力有限 。 近年来 ，二代测序(NGS)手艺团结生物信息学已成为人类病原体检测、判断和剖析的有力工具 ，为应对上述临床诊断挑战提供了新选择 。 mNGS是一种不依赖作育、无需预设、无偏倚、周全的微生物检测和分类学判断要领 ，具有高迅速度、普遍的病原体规模以及检测新泛起病原体的能力 ，已被证实在肺部熏染病原体的检测和判断中具有可行性 。然而 ，mNGS仍面临诸多挑战 ，如本钱高、人源基因滋扰大、效果判读难题、无法同时举行DNA和RNA双流程检测等 。 基于靶向扩增手艺和高通量测序手艺的tNGS应运而生 。现在 ，tNGS似乎具有检测迅速度不受人类基因组和配景微生物影响、检测本钱更低、样本要求更低、事情流程易于标准化、可同时检测DNA和RNA病原体等优点 。然而 ，基于多重PCR手艺的tNGS在BALF样本中的病原体判断性能尚不清晰 。
研究要领 本研究共网络85例疑似熏染患者BALF样本 。对每个标本均举行mNGS和tNGS事情流程 ，划分从样本维度、病原维度评价并较量mNGS和tNGS在病原体检测方面的性能 。最后 ，用PCR要领对临床重点病原体的纷歧致判断效果举行验证 。 研究效果
凭证纳排标准 ，最初未来自83名患者的85份BALF样本纳入本研究 。随后 ，2例样本未通过tNGS事情流程的QC历程 。最后 ，83个样本被纳入进一步剖析 。
mNGS和tNGS病原体判断 mNGS和tNGS的微生物检测阳性率划分为95.18% (79/83)和92.77%(77/83) ，差别无统计学意义(P =0.625) 。 mNGS和tNGS病原体检测效果如图1所示 ，主要检测到细菌和DNA病毒 。mNGS共检测到244种病原菌 。细菌共31种 ，占检出总数的47.13% (115/244)；DNA病毒有6种 ，占检出总数的33.61%(82/244)；真菌15种 ，占18.85%(46/244)；寄生虫检出1例口腔毛滴虫 ，占0.41%(1/244) 。 相比之下 ，tNGS从83份BALF样本中判断出270种潜在病原体 。细菌共28种 ，占检出总数的40.00% (108/270)；DNA病毒8种 ，占40.74% (110/270)；RNA病毒8种 ，占9.26% (25/270)；共检出真菌8种 ，占10.00% (27/270) 。
图1：mNGS和tNGS事情流程病原体判断效果
mNGS与tNGS效果较量 mNGS和tNGS检测病原体的一致性如图2所示 。76例(91.57% ，76/83)样本mNGS和tNGS检测均为阳性 ，3例(3.61%)两者均为阴性 。76例双阳性样本中 ，9例mNGS与tNGS检测效果完全一致；60份样本的mNGS和tNGS检测效果部分一致 ，至少检测到1种相同的病原；其余7例样本mNGS与tNGS检测效果完全纷歧致 。 因此 ，本研究纳入样本的mNGS和tNGS检测效果完全一致率为14.56%(12/83) ，完全纷歧致率为13.25 %(11/83) ，部分一致率为72.27%(60/83) 。 图2：mNGS和tNGS检测病原体的一致性 图3较量了mNGS和tNGS检测每种类型病原、每种病原的阳性样本数目 ，并对差别panel规模和差别报出分类层级的病原举行了特殊标记 。RNA病毒和寄生虫检出情形的差别是由差别的检测规模造成的 。 关于细菌 ，总体阳性率差别无统计学意义 。详细而言 ，两种事情流程均检测到的TOP3均为MTBC、流感嗜血杆菌和肺炎克雷伯菌 ，仅胞内分枝杆菌的检出率差别显著(P<0.05) ，这是由分类学种别差别造成的 。关于真菌 ，两种要领的TOP3真菌检出均为烟曲霉、白色念珠菌和耶氏肺孢子菌 。病原体阳性率无显著差别 ，但由于检测规模和分类层级的差别 ，特定病原体检测的比例较高 ，导致mNGS的总体真菌阳性率显著高于tNGS(P<0.001) 。 关于DNA病毒 ，除细环病毒不在tNGS检测规模内外 ，mNGS和tNGS检测到的病原谱一致 ，划分为人EBV、CMV、人疱疹病毒7型、人疱疹病毒6型、人疱疹病毒1型 。另外 ，EBV(P<0.001)、人疱疹病毒7型(P <0.001)、CMV(P<0.05)和人疱疹病毒6型(P<0.01)的阳性样本数目具有统计学差别 ，且tNGS总是具有较高的检出率 ，这可能反应了mNGS和tNGS之间的性能差别 。 图3：mNGS和tNGS检测病原体的效果较量 焦点病原验证
基于mNGS和tNGS效果 ，对临床焦点病原体效果保存差别的BALF样本举行PCR正交验证 。如图4所示 ，mNGS和PCR的微生物检出率均高于tNGS ，但mNGS和tNGS与PCR的总切合率相同 ，均为50% 。
图4：要害病原体mNGS和tNGS检测效果纷歧致的PCR剖析
研究总结
本研究系统评估了mNGS和基于多重PCR的tNGS在BALF样本中的病原检测性能差别 。总体而言 ，mNGS和tNGS在检测细菌和真菌方面性能相近 ，而tNGS在检测DNA病毒方面可能优于mNGS 。两种NGS检测要领与PCR相比没有显着差别 。我们的研究效果为mNGS和tNGS的临床应用提供了有力的科学依据 。
近年来 ，尊龙集团有限公司以二代测序手艺为依托 ，一直开拓立异 ，以手艺力牵引产品力打造 ，以产品力引领科研与服务力提升 ，助力临床医生实现精准、快速、周全的熏染性疾病诊断 。未来 ，尊龙集团有限公司将继续携手科研机构与医疗机构 ，配合推动熏染性疾病诊疗进入新时代 。
